Trung tâm Y tế huyện Kông Chro là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Y tế tỉnh Gia lai, có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu, tài khoản riêng được mở tại kho bạc Nhà nước và ngân hàng theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Y tế huyện Kông Chro chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp về tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế; chịu sự hướng dẫn về chuyên môn nhiệm vụ của các phòng chuyên môn thuộc Sở Y tế, các đơn vị Y tế tuyến tỉnh và trung ương; chịu sự quản lý nhà nước của UBND huyện Kông Chro theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Y tế có chức năng cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng, dân số - kế hoạch hóa gia đình và các dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật.
Cơ cấu tổ chức:
Lãnh đạo Trung tâm Y tế huyện Kông Chro gồm Giám đốc và các Phó Giám đốc.
Trung tâm Y tế huyện Kông Chro gồm các phòng chức năng và các khoa sau:
1)Phòng Tổ chức – Hành chính;
2) Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ;
3) Phòng Tài chính – Kế toán;
4) Phòng Điều dưỡng;
5) Phòng Dân số;
6) Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS;
7) Khoa Y tế công cộng - Dinh dưỡng – An toàn thực phẩm;
8) Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản;
9) Khoa Khám bệnh - Liên chuyên khoa;
10) Khoa Hồi sức cấp cứu;
11) Khoa Ngoại tổng hợp;
12) Khoa Nội – Nhi – Nhiễm;
13) Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng;
14) Khoa Dược – Trang thiết bị - Vật tư y tế;
15) Khoa Xét nghiệm và Chẩn đoán hình ảnh.